Il Maestro Funakoshi non era aveva mai dato parere favorevole  alla pratica del combattimento libero, poiché il combattimento è per la vita o la morte al quale ci si poteva allenare mediante pratiche di allenamento convenzionali dove ognuno cercava quotidianamente di superare i propri limiti. Numerosi conflitti erano sorti con i suoi allievi proprio per questa ragione. Spesso capitava  che alcuni praticassero il combattimento libero il assenza del loro maestro per provare le loro capacità. Lo stesso figlio del maestro, Yoshitaka, si impegnava parecchio allo scopo di riuscire ad elaborare tecniche efficaci proprio per tale tipo di pratica. Alla morte dei due Maestri le divergenze tra gli allievi si fecero sempre più evidenti, e coloro che dovevano trasmettere l’eredità del Maestro Funakoshi, formarono diverse associazioni seguendo diverse concezioni per quanto riguardava la  pratica del Karate Do. La Scuola Shotokan è oggi rappresentata da tre correnti principali:
J.K.A. Japan karate Association : diretta dagli ex allievi dell’università Takushoku. Questa è la corrente più conosciuta al di fuori del Giappone, essa ha sviluppato uno stile da competizione per quanto riguarda il kata ed il combattimento libero.
I Gruppi Universitari all’interno dei quali venne mantenuta una propria tradizione Shotokan. La corrente dell’Università di Keio è la più importante nonché la più antica.
Shotokai. Oggi è una scuola indipendente dallo Shotokan, anche se rimane la radice “Shoto” . Inizialmente erano la stessa cosa; SHOTO  era lo pseudonimo con cui Funakoshi firmava le sue poesie. Il termine “KAN” invece significa “Sala”  e “KAI”  “gruppo”, quindi i due termini Shotokan e Shotokai significano rispettivamente sala dove si pratica lo "Shoto" e gruppo di coloro che praticano lo "Shoto"
Nel 1951 lo Shotokai si riunì e si presentò come una associazione vera e propria  nel 1956. I Fondatori Gichin Funakochi, Shigeru Egami e Genshin Hironishi, avevano come obiettivo quello di preservare il karate, così come era nato, differenziandolo da quello che col tempo era diventato solo un gesto atletico.
Nell’aprile del 1957 Il Maestro Funakoshi morì. Lo Shotokai si preoccupò dell’organizzazione del Funerale, al quale la JKA non assistì.

Di seguito un testo del Maestro Hironishi che dà una spiegazione di come fossero tesi i rapporti tra i gruppi eredi del Maestro Funakoshi. 
Tratto da Storia del Karate  (Luni Editore)

“ Il Maestro Gichin Funakoshi è morto il 26 aprile 1957. Il giorno dopo dovevamo riunirci, tra allievi anziani, per organizzare la cerimonia funebre. Poiché il gruppo J.K.A. aveva dichiarato che non avrebbe partecipato ai funerali se non fossero stati organizzati esclusivamente da loro. Questo ci ha molto indignati. Egami e me, per i quali una dichiarazione del genere era inimmaginabile.
«Il figlio maggiore del Maestro ci aveva detto: "Penso di fare la cerimo­nia come Shotokai (Associazione Shoto), poiché mio padre era presidente dello Shotokan e dello Shotokai, ma il primo non esiste più, in quanto or­ganizzazione, dopo che la sede è bruciata. Mio padre non era presidente di nessun'altra organizzazione...". Invece - secondo la J.K.A. - il Maestro Funakoshi era stato il suo ultimo consigliere tecnico, e in onore a questo ti­tolo essa esigeva di dirigere la cerimonia.
«I due gruppi si riunirono, ed Egami accettò il ruolo di intermediario con il gruppo della J.K.A; che era diretta principalmente dagli allievi an­ziani delle università Keio, Takushoku e Hosei, tutte rinomate nel karaté fin dal periodo anteguerra. Il gruppo Shòtòkai era formato principalmente dalle università di Chuò, Senshu, Gakushùin ecc... A parte l'università Chuò, avevano tutte cominciato l'insegnamento del karaté dopo la guerra, ed erano dunque poco sensibili alle controversie tra lo Shòtókan e lo Shò­tòkai. L'università Waseda partecipava a queste due organizzazioni fin dall'inizio... In quella riunione ho preso la parola per spiegare le seguenti cose: il gruppo J.K.A. non ammette il valore dei kata Taikyoku e non li pratica... Se voi considerate il maestro Gichin come ultimo consigliere tec­nico, non è logico escludere le sue opere...
«Nel mese di dicembre di quello stesso anno, il Maestro Nakayama, il primo maestro della J.K.A., è venuto a trovarmi e ha detto: "Voglio che tu entri nella J.K.A. senza fare troppi problemi. Prima entra e poi cerca di far passare il tuo modo di pensare tra gli altri".
«Gli ho risposto: "Prima di qualsiasi discussione, va' a presentare le scu­se del vostro gruppo alla famiglia Funakoshi. Come potrei far parte del gruppo che ha rifiutato di partecipare ai funerali del Maestro. Ammetti an­che i kata Taikyoku come opera del Maestro e praticali. Se voi accetterete queste due condizioni, io potrò pensare alla tua proposta".
«Da allora, non ho mai più avuto l'occasione di parlare con Nakayama»

La Famiglia lasciò in eredità tutti i documenti del maestro, i nomi Shotokan e Shotokai e il suo simbolo la tigre allo Shotokai, come era suo desiderio.

Shigeru Egami e Genshin Hironishi presero la direzione dello Shotokai, fino alla morte del Maestro Egami, avvenuta nel 1981, dopo la quale Hironishi ed i suoi allievi più anziani continuarono a dirigere lo Shotokai.
Durante gli ultimi decenni sono comparse all’interno dello Shotokai, due correnti distinte: una evolutiva e una classica. Dopo al morte di Shigeru Egami avvenuta nel 1981, la corrente classica continua con il nome di Shotokai, la corrente evolutiva prende il nome di Shintaido. Quest’ultima è una corrente mistica che partendo dalla pratica tradizione del Karate Do, ricerca l’energia Ki, nel senso più mistico del termine.

Tratto da www.shotokaionline.com